En 1855, se concluyó el Tratado de Comercio y Fronteras entre Japón y Rusia, y en 1858 se firmó el Tratado de Comercio y Navegación. Al mismo tiempo, se abrió un consulado ruso en Hakodate. Un joven de 24 años, ahora conocido con el nombre de San Nicolás, llegó a la iglesia del consulado con una importante misión de predicar la ortodoxia en Japón. San Nicolás (en realidad Iván Kasatkin) estudió en la Academia Teológica de San Petersburgo, y en junio de 1860, después de enterarse del reclutamiento de sacerdotes en el consulado ruso en Japón, decidió ir a ese país a predicar el cristianismo. Llegó a Japón con el rango de sacerdote en 1861, habiendo tomado monacato. Esto marca el comienzo de la historia de la ortodoxia en Japón. En 7 años, San Nicolás dominó el idioma japonés, la caligrafía japonesa, y estaba profundamente informado de su historia, las enseñanzas budistas y la literatura clásica japonesa.
Predicando la ortodoxia, St. Nikolai hizo todo lo posible por difundir la cultura rusa, el
idioma ruso entre los japoneses. Estaba profundamente convencido de que el acercamiento y la amistad entre Rusia y Japón, se estaba desarrollando gracias a la influencia mutua de las culturas en la ciencia, literatura y el arte.
Entre uno de los primeros rusos japoneses, cabe destacar el nombre de Futabatei Shimei, un escritor de literatura japonesa moderna, que hizo una cierta contribución al desarrollo del estudio y la enseñanza de la lengua rusa en Japón. Los primeros diccionarios ruso-japoneses modernos fueron creados por estudiantes de Futabatei.
Sin embargo, respecto al comienzo del estudio del idioma ruso en Japón, uno no puede dejar de apreciar los esfuerzos de St. Nikolai, que organizó escuelas de
lengua rusa y se esforzó por educar a la generación más joven de japoneses que siguieron sus pasos. Entre los graduados del Seminario Teológico fundado por St. Nikolai, se pueden destacar nombres como Konishi Masutaro, quien presentó a los japoneses a León Tolstoi, y a parte, Sato Yoshiharu, que conocía bien a Maxim Gorky.
Las obras de la literatura rusa, incluidas las obras de León Tolstoi, fueron traducidas por Senuma Kakusaburo y Senuma Kayo. Nobori Shomu enseñó en un seminario teológico, una escuela militar, y trabajó en los periódicos Asahi y Mainichi, a parte del Ministerio del Interior, y en Waseda y Universidades de Nihon. También tuvo el puesto de director en una escuela en la Catedral de la Resurrección de Cristo en Tokio.
San Nicolás hizo grandes esfuerzos para establecer relaciones verdaderamente amistosas y de buena vecindad entre Japón y Rusia. Confiaba en que la formación de los japoneses en Rusia aumentaría el número de personas que tuvieran una actitud benévola hacia su país, lo que serviría para establecer armonía y estabilidad entre Japón y Rusia.
El primer graduado del Seminario Teológico, Matsui Dzuro, ingresó a la Academia Teológica de San Petersburgo en 1882; Miy Michiro y muchos otros lo siguieron a Rusia para estudiar. Entre ellos estaba el mencionado Senuma Kakusaburo. Miy Michiro no solo conocía bien el ruso, sino que también fue un destacado
erudito y teólogo.